无论马新贻被刺案有何重大背景来历，案发后的审讯调查过程和结局却充分彰显了中央皇权日益衰弱、政令不及地方的无可奈何。从始至终，刺马案的本质不过是清朝中央集权和地方军事集团的较量，而最后还是以清廷的公开退让而告终。